Al-Bashir sinh ra tại làng Hoshe Bannaga ở Sudan (thống nhất với Ai Cập vào thời điểm đó), nơi đó ông đã học tiểu học. Sau đó gia đình ông đã dời đến Khartoum, nơi ông hoàn tất chương trình học trung học. Al-Bashir nhập học Quân đội Sudan lúc còn trẻ và đã học ở Học viện Quân sự Ai Cập ở Cairo. Ông đã vươn lên nhanh chóng và trở thành một lính dù. Sau đó ông phục vụ trong Quân đội Ai Cập trong cuộc chiến tranh tháng 10 năm 1973.[23] Tiếng mẹ đẻ của ông là tiếng Ả Rập.

Al-Bashir kết hôn với em họ mình là Fatma Khaldid. Ông cũng có vợ hai tên Widad, bà này đã có một số con với chồng đầu qua đời trong tai nạn rơi máy bay trực thăng. Al-Bashir không có con.[24]